仁徳天皇時代（313年～299年）に現在の地より西方の西峰山頂に創建、宣化天皇元年（535）にこの地に移されたという。延暦12年（793）に大宝天王と朱智天王を同殿にあわせて祀られた。貞観11年（869）、朱智神社の祭神として祀っていた迦爾米雷命（牛頭天王）が、祇園の八坂郷感神院（八坂神社の前身）に遷されたことから、八坂神社の元となる神社といわれている。慶長17年（1612）に建てられた本殿には、桃山時代らしい華やかな装飾が施してあり、京都府登録文化財に指定されている。